In Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls wird Komaru Naegi, die kleine Schwester von Makoto Naegi, seit über einem Jahr in einem mysteriösen Appartement gefangengehalten. Eines Tages eilt ihr Byakuya Togami von der „Future Foundation“ zur Hilfe, doch bei einem Angriff von Monokumas Schergen werden sie getrennt. Komaru entdeckt bald, dass die Stadt von einer Gruppe von Kindern übernommen wurde, die sich „Warriors of Hope“ nennen und mit dem psychopathischen Monokuma paktieren. Inmitten von all dem Chaos trifft Komaru auf Toko Fukawa und gemeinsam versuchen sie die Monokuma-Armee zu besiegen und die dunklen Geheimnisse der Stadt zu lüften.
