Die Geschichte von Morphite spielt in ferner Zukunft, in welcher die Menschheit die Weiten des Weltraums besiedelt hat. Das Leben von Myrah Kale, einer jungen Frau, nimmt eine plötzliche Wendung, als sich eine einfache Mission zu einer unglaublichen interstellaren Reise entwickelt, die ihre rätselhafte Vergangenheit sowie ihre Beziehung zu der begehrten Substanz Morphite enthüllt.
Myrah wird zu den entferntesten Ecken des Weltraums reisen und unerforschte Planeten entdecken, wo viele verschiedene Landschaften mit exotischen Pflanzen- und Tierwelten auf sie warten. Mit Hilfe eines Scanners wird Myrah biologische Informationen verkaufen, um Schiffs-, Anzugs- und Waffen-Upgrades zu erwerben.
Im Inneren von Myrahs Schiff können die Spieler durch zufällige Begegnungen am Echtzeit-Raumkampf teilnehmen, mit anderen Reisenden aus der gesamten Galaxie handeln und mit dem einfach zu bedienenden Starmap-System von Morphite im Weltraum navigieren.
