Blue Reflection spielt in der Hoshinomiya-Mädchenschule, wo Spieler in die Rolle der Schülerin Hinako Shirai schlüpfen. Nach einem Unfall musste Hinako ihre Ballettkarriere an den Nagel hängen, seitdem kapselt sie sich vom Rest der Welt ab. Doch ihr Leben ändert sich schlagartig mit ihren neuen besten Freunden, den magischen Shijou-Zwillingen - Yuzu, die für ihre warmherzige und fröhliche Art von ihren Klassenkameraden verehrt wird und die egoistische sowie logisch denkende Lime.
Die Zwillingsschwestern verleihen Hinako die Macht eines Reflector, einer Kämpferin, die das "The Common" - eine mysteriöse Paralleldimension - manipulieren kann. Hinako kann mit ihrer Vorstellungskraft das schöne wie seltsame Reich verändern, doch muss schnell erkennen, welche Gefahren auf sie und ihre Freunde lauern. Ihre Begleiter und die Bindungen zu denen, die sie umgeben, verleihen Hinako Mächte, die ihr im Kampf helfen.
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